台“总统府”9月7日凌晨发出一条新闻稿称，陈水扁已9接受过“高检署”查黑中心调查，内容涉及“国务机要费”的性质、功能、演变沿革，并对经费用途、支出作详细说明，也提供检方“国务机要费”的“领据”、汇款单资料。6月间，国民党“立委”邱毅揭发“总统府”用假发票报销“国务机要费”弊案。“审计部”随后进行查核，经比对相关凭据，发现“府”方疑似有不法情事，将全案移送“高检署”侦办。当时“审计部”的查核报告书认定，陈水扁“国务机要费”支用审核及控管作业，未臻妥适。另一方面，包括邱毅及台湾红公司负责人李慧芬等人的指控愈来愈多，并传出扁家购买童书及狗饲料等收据，也用来核销“国务机要费”。李慧芬原定8月8日回台作证应讯，后因台风延后。外界却不知道，查黑中心已在前一天悄悄到“总统府”，以“就讯”方式讯问过陈水扁夫妇。