恩赫巴亚尔1958年6月生于乌兰巴托市，1980年毕业于莫斯科高尔基文学院，1985年至1986年在英国利兹大学留学。

恩赫巴亚尔1980年至1990年在蒙古作家协会先后任翻译、编辑和执行秘书，1990年至1992年任蒙古政府文化艺术发展委员会第一副主席， 1992年至1996年任文化部长，1992年至2004年任国家大呼拉尔委员。恩赫巴亚尔1997年至2005年任蒙古人民革命党主席，2000年至 2004年任总理，2004年至2005年任国家大呼拉尔主席。他2005年5月当选总统，6月就任。