台北地方法院合议庭连夜开庭，于12日早上7时许作出裁决，认为陈水扁所犯最轻本刑为有期徒刑5年以上重罪，同时有串证之虞，裁定将陈水扁收押禁见。陈水扁随即被送进台北看守所，成为首位被收押的卸任当局领导人。

台湾检方特侦组11日下午向台北地院声请收押禁见。台北地院于当天晚间9时召开合议庭，审理检方的声请。但陈水扁在开庭后，表示自己在特侦组遭到殴打，合议庭于是将陈水扁送往医院验伤，并于12日凌晨零时30分返回法院继续开庭，经过长时间的审理，于12日早上7时许作出了上述裁定。昨天上午9时30分，陈水扁被送进台北看守所羁押。依台湾有关规定，羁押期为两个月，视需要可以延押一次。