马英九萧万长20日上午9点，正式宣誓就任，马英九在宣誓时指出，将遵守宪法，不负民众托负，之后并接下印信与玉玺；而在马萧正式宣誓就任后，台湾正式迈入“马英九”时代。马英九发誓将发展与大陆的关系，增加商贸、旅游和交通的联系，并将致力于两岸敌对状态的和平解决。在陈水扁执政的8年内中两岸关系持续恶化，其台独立场同时得罪了北京和华盛顿。